Преследование личных интересов при формировании оборонных концернов. В 2001 году руководители ряда оборонных предприятий обвинили Илью Клебанова в том, что при создании концерна ПВО он добивается придания функций управляющей компании частной ФПГ "Оборонительные системы", с руководством которой его якобы связывают особые отношения. В итоге Президент фактически отстранил господина Клебанова от этой работы и поручил заниматься формированием концерна ПВО заместителю главы своей Администрации Виктору Иванову. В свою очередь, премьер Михаил Касьянов убедил Президента в необходимости пересмотра разработанной под руководством Ильи Клебанова программы реформирования оборонного комплекса: Владимир Путин согласился с тем, что предприятия должны объединяться в интегрированные структуры не под началом управляющих компаний, а на базе уже существующих головных предприятий.
Чрезмерный протекционизм в сфере автомобилестроения. Илья Клебанов настаивал на резком повышении пошлин на ввоз автомобилей, в том числе подержанных. По его мнению, это способствовало бы развитию отечественной автомобильной отрасли. Михаил Касьянов был категорическим противником резкого повышения пошлин - он опасался негативных социальных последствий этого шага, связанных с ростом цен на автомобили, в том числе отечественные. Господину Клебанову удалось добиться повышения пошлин, однако для этого был избран более мягкий путь: пошлины повышались постепенно и в меньших объемах, чем предлагал министр.
