Природно-климатические условия Томской области способствуют развитию сельского хозяйства, в основном в южных, более освоенных и более заселённых районах (Кожевниковский, Томский, Шегарский и др.). Здесь сосредоточено 80% всех пахотных земель, где выращивают яровую пшеницу, озимую рожь, ячмень, овес, гречиху, просо.
В агропромышленном комплексе занято около 11% всех работающих в области. Образованы около полутора сотен акционерных обществ и кооперативов и 2300 фермерских хозяйств, специализирующихся в основном на откорме крупного рогатого скота и производстве молока. Больше всего рентабельно работающих хозяйств находится в Томском районе - четыре (АО `Томь` и `Кисловское`, ТОО `Заварзино`, птицефабрика `Туганская`), три в Зырянском (АО `Рассвет`, ТОО `Сибиряк`, агрофирма `Нива`), два в Кожевниковском районе (совхоз `Восход` и АО `Зайцевское`, по одному - в Асинском (ТОО `Тихомировское`), Шегарском (АО `Южное`) и Колпашевском районах (госхоз `Колпашевский`).
Основной специализацией сельского хозяйства Томской области является мясомолочное животноводство. Наличие необходимых площадей кормовых культур, естественных сенокосов и пастбищ создает благоприятные условия для его развития. В пригородной зоне Томска расположены птицефабрики, животноводческие комплексы по промышленному производству мяса свинины и птицы. Продукция животноводства составляет 70% в валовом объеме сельскохозяйственной продукции. Повсеместно выращиваются овощи и картофель. Пищевая промышленность представлена мясомолочным, кондитерским, хлебным и ликероводочным производством. До 40% сельскохозяйственной продукции производится в личных подсобных хозяйствах населения.
В последние годы наблюдается снижение посевных площадей сельскохозяйственных культур. Область расположена в зоне рискованного земледелия, урожаи сельскохозяйственных культур во многом зависят от погодных условий. Уменьшение площадей обусловлено залесением и заболачиванием угодий и нарастанием темпов отчуждения земель для нужд промышленности, транспорта и иного несельскохозяйственного назначения.
Более актуальна проблема рекультивации строительных карьеров, борьба с плоскостной и овражной эрозией в южных районах, где регистрируется смыв плодородного слоя со склонов в объёме до 50 м3 с га пашни, а снижение урожайности местами достигает 15 - 20%. В ряде хозяйств эрозии подвержено до 80% пашни. Овражная эрозия актуальна для г. Томска и его окрестностей, здесь насчитывается 80 крупных оврагов и множество мелких.
В области работают две опытные селекционные станции. Устойчивое наращивание производства продуктов сельского хозяйства может быть обеспечено лишь на основе дифференцированного использования природных, биологических, техногенных и трудовых ресурсов. В этих условиях возрастает роль науки в решении социально-экономических проблем не только деревни, но и города.
