Экологическая обстановка на территории Томской области в целом благоприятна. Но промышленное освоение области, соседство с развитыми промышленными регионами (Кемеровской и Новосибирской областями, Алтайским краем), все это нарушает экологическое состояние окружающей среды Томской области. Основными источниками загрязнения являются Сибирский химический и Томский нефтехимический комбинат. От предприятий соседних областей, переносятся по воздуху загрязняющие вещества (серо- и азотосодержащие), а с течением рек Оби и Томи, область принимает стоки предприятий. Более опасно загрязнение природы в северных районах области - в зоне интенсивной нефтедобычи, где в воды таежных рек и болот сбрасываются нефтепродукты. В силу климатических условий и неравномерного распределения промышленных предприятий по территории области, решение экологических вопросов происходит не везде одинаково. 90% предприятий области, расположены на очень малой территории (не более 600 км2), город Томск находится в 30-километровой зоне воздействия комбинатов и входит в санитарно-защитные зоны взрывоопасных объектов, все это приводит к напряжению социально-экологической обстановки. Около 21 тыс. км2 Томской области используются космодромом Байконур, как места падения отделяющихся частей ракет-носителей. Существует опасность загрязнения некоторых малонаселенных районов ракетным топливом гептилом, сохраняющимся в отделяющихся ступенях ракет. Эта проблема до конца не изучена.
На территории Томской области существуют зоны повышенной экологической опасности. К ним относятся, прежде всего:
северный промузел г. Томска и зона воздействия СХК с местами захоронения радиоактивных отходов;
районы нефте- и газодобычи;
районы падения отделяющихся частей ракет-носителей;
район водозабора в Обь - Томское междуречье;
районы интенсивных лесозаготовок и лесных пожаров.
Всё это отражается на состоянии здоровья населения. По медико-статистическим данным, в области продолжается непрерывный рост онкологических заболеваний, заболевание и смертность от туберкулеза, профессиональные заболевания.
В результате многолетней низкоэффективной эксплуатации на Томском и Асинском водозаборах, значительно сократились запасы подземной воды и достигли критического значения. Одной из важнейших проблем является загрязнение воды в р. Томь, которая не пригодна для питьевых целей и не отвечает санитарно-гигиеническим нормам. Подготовлено соглашение между Томской и Кемеровской областями о сотрудничестве при организации хозяйственной деятельности и улучшению качества воды в бассейне р. Томь.
Экологическая общественность Томска подвергает жесткому контролю деятельность Сибирского химического комбината, где перерабатывается ядерное топливо. Но многочисленные исследования не установили фактов негативного влияния комбината на окружающую среду и здоровье населения.
За экологической обстановкой в городе Томске следит отделение экологического движения `Кедр` и Государственный комитет по охране окружающей среды Томской области.
